Não existe uma resposta correta para escolha do encoding. A escolha deve ser feita de acordo com a sua necessidade. É por esse motivo que os bancos aceitam vários tipos.
Se o seu sistema não tiver chance de receber nenhum caractere especial, como no caso que você está descrevendo onde o conteúdo será sempre um HTML em que você pode, a priori, trocar todos os caracteres especiais por suas representações Unicode (i.e. &#nnnn; onde nnnn é o código unicode), então é provável que você não precise armazenar esse dado em UTF-8. Você inclusive pode ter todo o seu banco de dados como um collation UTF-8 e apenas esse campo do HTML com uma collation diferente.
Porém, muitas vezes você não tem controle sobre como o HTML será gravado no campo, você não tem um filtro para converter em casos onde o usuário colar algum caractere especial, etc. Se for esse o caso, então a melhor estratégia é usar o Unicode.
Outra questão está no fato de você escolher um campo varchar ou um campo text para guardar esse tipo de informação. Cada tipo de campo tem suas vantagens e desvantagens, principalmente se você tem alguma intenção de aplicar filtros ou ordenações sobre esse conteúdo. Os campos text também podem ser indexados, mas tem um limite (prefixo) que você deve escolher para a comparação dos caracteres. Existe também funcionalidades de FULL TEXT SEARCH no MySQL que podem ser aplicados nos dois tipos de campo.
Se apenas for uma questão de armazenar e recuperar o dado, eu indicaria o uso de um campo do tipo text em que você não se preocuparia com limitações de tamanho, no caso de você não ter esse controle do input do usuário.
Outro aspecto, é que hoje em dia a preocupação do campo ocupar 1 byte ou 2 bytes por caractere não tem muito sentido dado o custo por byte de armazenamento em disco. Apenas se você tem um sistema com uma quantidade muito grande de dados que precise replicar em várias instâncias e o custo de armazenamento do seus provedor for caro.
Se essa for sua principal preocupação e não tiver certeza se o conteúdo vai usar ou não Unicode, escolha o UTF-8. Isso irá facilitar seus scripts de banco, suas conversões quando fizer a leitura no programa e para exibir em páginas HTML.
