Переместить конфигурацию из EEPROM в FS.
Сделать функцию для тройного резервирования. Каждый раз писать 3 файла. Читать тоже 3 файла. Если один из них окажется не валидный, а два других - ок, то записывать его валидным значением.

p.s. почитать есть ли разница между eeprom и fs для этих целей.